1、幹在識別記号とはマルス券やPOS券独特のマークで新幹線経由のものか在来線経由のものか識別するためにある記号です。
乗車券には通常(乗車券)と乗車券の文字の下にアンターバーがあるのが通常です。ただし新幹線と在来線が別線となるような区間を含む乗車券などについてはアンダーバーは記されず・or□or■の記号が記されます。これはその経路上で新幹線を用いたか在来線を用いたかを識別する記号で、最大12個で成り立っています。上の乗車券の乗車券の下の記号・・・・■■■■・・・・がこれにあたります。
2、幹在別線について
旅規16条の2ではこう記されています。
（東海道本線（新幹線）、山陽本線（新幹線）、鹿児島本線（新幹線）、東北本線（新幹線）、高崎線（新幹線）、上越線（新幹線）及び信越本線（新幹線）に対する取扱い）
第16条の2 次の各号の左欄に掲げる線区と当該右欄に掲げる線区とは、同一の線路としての取扱いをする。
| (1) | 東海道本線及び山陽本線中神戸・新下関間 | 東海道本線（新幹線）及び山陽本線（新幹線）中新神戸・新下関間 |
| (2) | 東北本線 | 東北本線（新幹線） |
| (3) | 高崎線、上越線及び信越本線 | 高崎線 (新幹線)、上越線（新幹線）及び信越本線（新幹線） |
| (4) | 鹿児島本線中博多・新八代間及び川内・鹿児島中央間 | 鹿児島本線(新幹線)中博多・新八代間及び川内・鹿児島中央間 |
これはつまり新幹線と在来線が並走する区間については基本的には同一の線路とみるという意味です。ただしこれには例外もあり16条の2第2項に記載があります。
２ 前項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる区間内の駅（品川、小田原、三島、静岡、名古屋、米原、新大阪、西明石、福山、三原、広島、徳山、福島、仙台、一ノ関、北上、盛岡、熊谷、高崎、越後湯沢、長岡、新潟、博多、久留米、筑後船小屋及び熊本の各駅を除く。）を発駅若しくは着駅又は接続駅とする場合は、線路が異なるものとして旅客の取扱いをする。
(1) 品川・小田原間
(2) 三島・静岡間
(3) 名古屋・米原間
(4) 新大阪・西明石間
(5) 福山・三原間
(6) 三原・広島間
(7) 広島・徳山間
(8) 福島・仙台間
(9) 仙台・一ノ関間
(10)一ノ関・北上間
(11)北上・盛岡間
(12)熊谷・高崎間
(13)高崎・越後湯沢間
(14)長岡・新潟間
(15)博多・久留米間
(16)筑後船小屋・熊本間
とあり、これはつまり新幹線駅が並行在来線上にない場合、発駅若しくは着駅又は接続駅とする場合は、線路が異なるものとしてみるというルールです。
また、16条の3では博多・新下関間は別線として扱うが乗車券の発売要件などにおいては同一の線路としてみなすことが記されています。これにより東京都区内-福岡市内といった発着駅の往路は経由新幹線、復路は経由在来線といった往復割引券を発行することが可能です。
（新幹線と新幹線以外の線区の取扱いの特例）
第 16 条の３
次の左欄に掲げる線区と当該右欄に掲げる線区に関し、第 26 条第１号ただ し書、第２号ただし書及び第３号にそれぞれ規定する普通乗車券の発売、第 68 条第４項 に規定する旅客運賃計算上の営業キロ等の計算方並びに第 242 条第２項に規定する区間変更の取扱いにおける旅客運賃・料金の通算方又は打切方については、前条第１項の規定を準用する。
山陽本線中新下関・門司間及び鹿児島本線 中門司・博多間 山陽本線（新幹線）中新下関・小倉間及 び鹿児島本線（新幹線）中小倉・博多間
そして16条の4では東北新幹線、北陸新幹線、九州新幹線及び北海道新幹線に対する取扱いが記載され並行在来線がJRから分離された区間においては新幹線は単一の路線としてみなすことが記されています。
（東北新幹線、北陸新幹線及び九州新幹線に対する取扱い）
第16条の4
東北新幹線盛岡・新青森間、北陸新幹線高崎・金沢間及び九州新幹線新八代・川内間については、単一の線路として旅客の取扱いをする。
例：新八代・川内間の在来線区間は肥薩おれんじ鉄道となりJRから分離されているためこの区間については新幹線は単一の線路としてみなします。
3、幹在識別記号について
通常、新幹線と在来線は同一の線路としてみなすのが普通でした。しかしJR分社後東京・熱海間、米原・新大阪間、新下関・博多間については幹在で運行される会社が異なるという現象が起きました。そして実際に発行されるマルス券に関しては幹在どちらかを用いるかをみるための記号が記されることになりました。この記号が幹在識別記号であり・か□か■の記号が最大12個記されます。この個数に関しては券種により異なり乗車券と特急券が一葉になったものや英語表記の乗車券に関しては個数が異なります。
四角の見方ですが、最初の四個ないし三個ないし一個が東京・熱海間次いで米原・新大阪間最後は新下関・博多間という意味です。要はこの区間を幹を用いたか在を用いたかにより記号が異なるのです。また・・・・はその該当区間がないことを意味します。
では実際に例をあげ見てみましょう
この乗車券は田町から町田までの乗車券ですが品川から新横浜まで新幹線を用いています。なのでこの場合幹在識別記号は■■■■・・・・・・・・と記されます。
ただしこのように在来線のみを用いる場合は識別記号は□□□□・・・・・・・・となります。
またこの記号は区間変更券にも現れ、この場合は新大阪から先を幹を用いているために記号は・・・・■■■■・・・・となっています。
一方新大阪から米原間を在来線を用いる場合は・・・・□□□□・・・・となります。
このような120ｍｍ券となる場合でも幹在識別記号は記されこの場合ではまず武蔵小杉から東京までは在来線を用いているために□となり京都新大阪間は新幹線区間なので■となっています。また新下関博多間は新幹線なので■になっています。なので、□□□□■■■■■■■■となります。
またこの場合はまず博多新下関間は幹であるために■で記され新大阪から京都は在来線経由のために□となります。またこの乗車券の場合東京熱海間は関係ないので・・・・で記されます。結果・・・・□□□□■■■■で表記されます。
ただしこのように幹在で会社が同一の場合は幹経由であろうとも識別記号は記されません。
このような場合にあっても幹在識別記号は現れません。
またこの記号は短距離券売機券の新幹線乗車券にも現れることがありこの場合は上記のすべての区間を新幹線を用いているために全ての記号が■となっています。
またこの記号はマルス券のみではなくPOS券にも出ることがありこの場合は新大阪米原間が新幹線のため・・・・■■■■・・・・となっています。
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